KONSTRUKSI POHON FILOGENETIK VIRUS DENGUE DI INDONESIA MENGGUNAKAN METODE MAXIMUM PARSIMONY
DOI:
https://doi.org/10.20527/yr1kg815Keywords:
Maximum Parsimony, Filogenetik, DengueAbstract
Pada paper ini dijelaskan pembentukan pohon filogenetik virus dengue tipe-3 di Indonesia. Pembentukan pohon filogenetik menggunakan Maximum Parsimony dengan mencari pohon yang jumlahnya paling minimum dari perubahan antar virus. Tujuan dari paper ini adalah mengetahui bagaimana evolusi virus dengue tipe-3 di Indonesia dari tahun ke tahun. Pada paper ini diberikan jarak antar genetik menggunakan metode Kimura 2 Parameter dan pohon filogenetik menggunakan maksimum parsimony. Hasil yang didapatkan ialah terlihat bahwa pohon filogenetik yang terbentuk menggunakan maksimum parsimony memperkuat analisis jarak genetik.
This paper describes the establishment of a type-3 dengue virus phylogenetic tree in Indonesia. Formation of a phylogenetic tree using Maximum Parsimony by finding a tree with the minimum number of changes between viruses. The aim of this paper is to find out how the type-3 dengue virus evolves in Indonesia from year to year. In this paper, the distance between genetics is given using the Kimura 2 Parameter method and a phylogenetic tree using maximum parsimony. The results obtained show that the phylogenetic tree formed using maximum parsimony strengthens the genetic distance analysis.
Downloads
References
Abdelrazec, A. dkk. (2016). Modelling the spread and control of dengue with limited public health resources. Mathematical Biosciences, 271, 136–145.
Biro.R.K. (2015). Constructing Phylogenetic Trees. Faculty of Science Eötvös Loránd University: Budapest.
Dewi Ayu Lestari, Rodiyati Azrianingsih, Hendrian. (2018). Filogenetik Jenis-jenis Annonaceae dari Jawa Timur Koleksi Kebun Raya Purwodadi Berdasarkan Coding dan Non-coding sekuen DNA. J. Trop. Biodiv. Biotech, 3, 1–7.
Dewi Retnaningati. (2017). Hubungan Filogenetik Intraspesies Cucumis melo L. berdasarkan DNA Barcode Gen matK. Biota, 2, 62–67.
Dharmayanti. N.L.P.I. (2011). Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi Organisme Berdasarkan Sejarah Evolusi. WARTAZOA, 21, 1.
Fietri, W. A., Razak, A., & Ahda, Y. (2021). ANALISIS FILOGENETIK IKAN TUNA (THUNNUS SPP) DI PERAIRAN MALUKU UTARA MENGGUNAKAN COI (CYTOCROME OXYDASE I). 6.
I Gde Adi Suryawan Wangiyana. (2022). REKONSTRUKSI POHON FILOGENETIK DARI SEKUEN MATURASE K GYRINOPS VERSTEEGII MENGGUNAKAN REFERENSI PENCARIAN MEGABLAST. Jurnal Ilmiah Sangkareang P-ISSN:2355-9292/e-ISSN:2775-2127 Mataram, 9, 19.
Juliantari, E., & Sofiyanti, N. (2016). Analisis Filogenetik Mangifera odorata Sumatera Tengah dan Kerabatnya Menggunakan Gen rbcL.
Kementrian Kesehatan Republik Indonesia. (2015). Profil Kesehatan Indonesia 2014. Jakarta, Indonesia: Kementrian Kesehatan Republik Indonesia.
Nathan, M.B. dkk. (2019). Dengue Guidelines For Diagnosis, Treatment, Prevention and Control. France: World Health Organization.
NLP Indi Dharmayanti dan Risa Indriani. (2014). IDENTIFIKASI MOLEKULER VIRUS SUBTIPE H3 DAN H10 PADA UNGGAS. Jurnal Kedokteran Hewan, 8 No.1.
Oktafia, R. E., & Badruzsaufari, B. (2021). ANALISIS FILOGENETIK GARCINIA SPP. BERDASARKAN SEKUENS GEN rRNA. ZIRAA’AH MAJALAH ILMIAH PERTANIAN, 46(2), 259. https://doi.org/10.31602/zmip.v46i2.4526
Pudjiadi, A.H. dkk. (2009). Pelayanan Kesehatan Anak di Rumah Sakit. Pedoman Bagi Rumah Sakit Rujukan Ringkat Pertama di Kabupaten/Kota. Jakarta, Indonesia: World Health Organization.
Tamura K, J. Dudley, M. Nei & S. Kumar. (2007). MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. (Vol. 24). Molecular Biology and Evolution.
YULIANDINI PANGESTIKA, ANTO BUDIHARJO, HERMIN PANCASAKTI & KUSUMANINGRUM. (2015). ANALISIS FILOGENETIK Curcuma zedoaria (TEMU PUTIH) BERDASARKAN GEN INTERNAL TRANSCRIBED SPACER (ITS). Jurnal Biologi, 4, 8–13.
Downloads
Published
Issue
Section
License
Copyright (c) 2023 SENPIKA
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
